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牛奶在人们生活中的地位越来越重要已是一个不争的事实。牛奶中包含的9类重要营养素使它成为最受人们欢迎、最具营养的饮料。但是从食品安全角度来看，牛奶却面临着许多挑战。牛奶对于多种病原体和非病原体微生物来源是非常好的生长媒介。在美国，牛奶中丰富的蛋白质使牛奶被列入引起90%过敏反应的八大食物中。每年全世界有数以百万计的人因不能接受牛奶中的乳糖，而出现胃痉挛、腹胀以及其它胃肠道症状。此外，因为近期产品的召回导致牛奶和奶制品也在接受严格的审查。为了克服这些困难，严格的按照基于全面风险分析所规定的程序生产是十分重要的。
巴士灭菌牛奶
为什么巴士杀菌如此有效？这是因为生牛乳中包含数量庞大的危险病原体，包括蜡状芽孢杆菌、空肠弯曲杆菌、大肠杆菌O157∶H7、李斯特菌和鼠伤寒沙门氏菌。巴士杀菌法结合全面的食品安全方案，可以在很大程度上减少甚至消除因奶制品而发生食源性疾病的可能性。
尽管事实上，许多国家对生牛乳的出售有严格的规定甚至出台相应的法律，而且大多数的消费者也在维护其购买和消费的权利。在美国，其中22个州禁止销售生牛乳。然而，生牛乳的支持者找到避开这些禁令方法，那就是通过伪合作避开这些禁令，被称为“奶牛共享”。奶牛共享主要是指一群人共同拥有奶牛牛群，奶牛可以产奶，同时产的生牛乳可以被拥有者消费。通过这样的方式，没有生牛乳被消费，也没有法律被侵犯。许多国家正在制定奶牛共享禁令，但是关于此项目的辩论正在进行。
2002年，美国食品药品管理局报告指出，每年通过饮用生牛乳和部分加热的生牛乳以及生牛乳制品造成200多人生病。尽管如此，支持者仍然认为，巴氏杀菌虽然有消灭疾病的潜力，但同时破坏了牛奶中许多有价值的营养，其中包括被认为是保健品的好细菌。
病原体的控制
据估计，美国每年有超过757亿升的牛奶被消费。随着消费水平的提高，对病原体的控制显得十分重要。巴士杀菌的目的是消灭存在于原料奶中的病原体，但是巴士杀菌后的污染同样面临着一个非常大的挑战。在美国，许多落后的奶制品工厂由于结构的缺陷，使其很难保持超干净的生产环境。同时，由于奶制品行业的利润较低，所以对于环境投入的资金非常有限。因此，在建立食品安全计划的同时需要强有力地控制和监督力量共同配合。
在这项计划中主要对优先区的设备进行消毒来消灭环境中的病原体。这项计划主要分为4个区域，划分依据是以他们接近暴露食品和与食品接触的表面为基础进行划分，如表1。
工厂可以对病原体进行测试，并根据产品类型以及不同的环境因素进行风险评估。病原体的位置和频率取决于优先区域以及随之的结果。例如，一个完整的环境评估结果需要包括原因分析、整改方法以及重新测试结果的证明。如果推测结果出现在A区，那么A区的所有设备以及区域都会被单独消毒。单独消毒会在接下来的5天内一直持续，B到D区则会受到类似的对待，对待不同区域的消毒天数也会不同。
根据对环境、产品和缝隙的病原体分析，需要补充对成品的监视监测方法。而这项检测应该在公司对产品的物理控制检测中实行。
过敏原控制
在奶制品行业，食品安全已经超过了对病原体的控制以及原料奶和巴氏杀菌奶的争议。牛奶过敏是婴幼儿早期最常见的食物过敏，同时在发达国家中，牛奶过敏人群中婴儿占2%～3%。
牛奶制品是含有过敏原物质的重要食品，牛奶过敏可能会引起荨麻疹、呕吐、呼吸困难等症状。通常蛋白质会被肠道的酶消化成氨基酸后再吸收，但仍有一些微量蛋白质不经消化即被肠道吸收而进入血液循环，这样的蛋白质即被视为人体过敏原。牛奶中含有多种牛奶蛋白，引起过敏的阈值在30mg以下，甚至不足1mg。
过敏原控制是一项非常具有挑战的工作。以一个典型的冰淇淋店为例，除了奶成分外，其它原料在运输、存储、加工的过程中都有可能会接触到过敏原材料，比如花生、坚果、大豆、小麦以及鸡蛋等。像冰块以及果汁等食品中虽不含乳制品成分，但仍然可能会在奶制品生产设备中生产。那么，如何在生产的同时减少交叉感染的风险就需要考虑以下几个因素。
风险评估
在配料区，要标示出过敏原辅料的名称、批次、专区存放；其配料用容器和工具要专用，并与非过敏原配料用器具区别开来，可采用不同的颜色；生产中先生产不含过敏原的产品，再生产含过敏原的产品，当出现过敏原产品生产切换时，要认真清洗设备，避免上一次生产过敏原遗留，经检验清洗合格后，方可进行生产。所有产品要明确成分和产品配方，对标签都必须进行严格的审查，来保证其一致性和持久性。
返工控制
许多食品工厂中，返工工作十分常见，但是这样做需要有严格的程序来防止掺加有害成分。返工清单是过敏原风险评估重要的一部分，返工中需要清楚的显示原料来源和制成的产品，例如，一个简单的白色冰淇淋可能混合含有牛奶、奶油、液态糖以及卡拉胶，这样的成分组合可以被返工成为其它混合形式的产品。
生产调度以及生产线的变化
同返工一样，生产线变化也应该采取相应的步骤来适应生产调度，并且采取相应的步骤来协调生产线。在生产线中不含过敏原的要先生产，过敏原的应该在最后生产。在生产日结束后，或者在过敏原产品生产完成后，必须要对整个生产线进行全面的清洗。 食品卫生有效的验证
如果通过采取冲洗或者其它措施被认为可以从生产线中去除过敏蛋白质，那么这项技术的有效性还须获得认证。实现这一点的方法就是按照规定执行正常的卫生步骤，然后就是对清洗水进行取样，并对现存的过敏原实行检测和对存在问题的残留物进行检测，如果对残留物进行检测，卫生检测步骤就需要延长，或者进行重新修改。当一项新产品或过敏原出现时，卫生检测过程也要进行修改，检测也要随时进行。
员工培训
对于在工厂工作并且接触过敏原产品的员工，每年都需要进行培训。这些培训主要是针对过敏原应如何进行处理。它包括对过敏原管理过程中不正确的配方、不正确的返工、交叉感染、贴错标签的产品、产品卫生控制管理不足等5个方面进行分析。
乳糖不耐症
除了过敏原，被称为乳糖的碳水化合物是另外一项备受关注的问题。乳糖不耐症主要是因为个体无法代谢乳糖，这主要是因为在他们的肠道内所需要的乳糖酶不存在或者严重不足。
估算表明，全世界75%的成年人自身乳糖酶活性在成年期会有所下降。其症状主要包括腹痛、腹泻、胀气、腹胀以及恶心等症状。这些症状的发生主要是由于乳糖在结肠处被分解为单糖（葡萄糖和半乳糖）。当这种情况出现时，会有大量的氢气释放到结肠内，从而引起疼痛和胀气。一些残留的乳糖就会吸收水分渗透到结肠中，造成腹泻。
供应商控制
做好乳制品企业供应商管理工作，首先要在源头把好关。第一，要选择素质能力强的奶农和诚实守信、认真履行合同义务的奶站。第二，根据采购原奶的质量特性、采购数量和质量保证去选择供应商，减少采购风险。第三，供应商应当在经营方向和技术能力等方面符合要求，双方在日后的配合中能优势互补。
检验检测是乳制品企业对供应商进行控制的最后一个环节，也是原料奶进入生产流程前最重要的一道关口。首先，在订立收购合同时，应明确对原料奶的技术要求和质量要求，同时加强对合同、技术、质量协议的履行监控。其次，实施过程监控和检验，加强日常抽检的实施和收购环节的严格把关。在标准要求明确的基础上，依据规范要求进行监督。不仅要做到一次检查，而且还要进行规范意义上的复检。第三，重视先进检测手段和方法的推广应用，加大资源配备，在有明确的相应标准保证的前提下，通过快速检测数据反映乳品的真实质量状况，以便及时采取措施进行改进和完善。第四，重视检验人员的培养与引进，建立有利于科技人才成长与发挥作用的激励机制和人才使用机制，促进科技人才的优化配置。
牛奶中的抗生素残留
乳腺疾病是奶牛常见的疾病，需要使用抗生素进行治疗。由于很多人对某些特定的抗生素过敏，因此奶制品中必须保证其不含超标限制的抗生素残留。
当奶牛接受抗生素治疗时，他们所产的奶需要被弃掉直至奶牛被治愈，以保证抗生素已经从它们体内清除。但是有时含有抗生素的奶会被引入市场，许多时候，这样的牛奶会和来自其它农场的牛奶混合，从而导致需要弃掉所有的牛奶。出于这个原因，所有的牛奶在使用前需要对残留的抗生素进行测试。
牛奶中的三聚氰胺
2008年发生的三聚氰胺事件对社会产生的影响至今让人记忆犹新，三聚氰胺是一种在商业和工业上使用的塑料碳化合物，加入到奶制品中可以增加牛奶中的蛋白质含量。有资料显示，三聚氰胺事件造成54000个婴儿患病，其中4例死亡。当时该事件造成全世界对中国的奶制品和乳蛋白实行全面禁止，许多公司也拒绝购买中国的产品。
供应商的审批和监督
奶制品生产商采用和大多数食品公司相同的标准来选择原材料的供应商。有关食品安全保障、生产规范以及HACCP等的审核是必须的。此外，准供应商需要第三方审核机构进行审核并提出整改建议。
奶制品企业在人力物力有限的条件下，在对所有的供应商进行审计中，怎样才能降低风险呢？一种选择是在风险评定的基础上进行实地考察核实。要做到这一点，需要有供应商的供应原料成分清单以及食品所接触的包装清单。对于每一项产品，都需要确定微生物、化学成分以及物理参数等的风险水平。
对风险因素采用评分制，存在一种风险就会获得一分。使用0～3分的比例标准，“花费风险”是建立在每年或者成本费用数量最多的产品的基础之上。如果产品风险较小就会获得0分，而如果产品风险较大就会得到3分。完成评定后会获得一个风险评定分数。如果分数介于0～2分之间，则不需要进行实地考察。如果是3分，就要进行两年一次的实地考察，如果分数是4分或者更高的分数就需要每年都进行实地考察。
举个例子，假如向一个冰淇淋生产商购买果泥，并且需要将它加入到巴士杀菌的产品中。果泥是一种季节性的食品，只有少数可以被用于全年的生产中。这项风险的评估分数会在表2中体现。对于这部分组成要素的最终的风险评分为3，这也需要每两年进行一次实地考察。
实地考察并不代表审计的完成，而是需要第三方审核机构来确保整改方法已经得到落实。对生产领域的实地考察可以通过员工反映食品安全水平的情况。
总之，奶制品的生产中存在许多食品安全问题，并且在食品加工产业中也是独一无二的。严格的规定、潜在的细菌、过敏的风险、原料的问题以及加强对供应商的监督都成为奶制品中存在的长久挑战。
