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在信息不对称、审计缺乏追查手段的情况下，注册会计师对上市公司的审计存在很多难点，分析这些难点，有助于我们设计更恰当的审计程序，为出具恰当的审计报告提供合理保证。
一、资产减值准备的审计
八项资产减值准备审计的难点之一，是计提的恰当性，特别是鲜有市场参考价值的固定资产减值准备、在建工程减值准备和无形资产减值准备。计提资产减值准备是为了挤干“水分”，避免公司一方面存在大量的不良资产甚至潜亏，另一方面报表上又体现可观的利润。但除了坏账准备计提外，其余七项资产减值准备计提并无明确标准，大部分看起来似乎比较“灵活”，所以审计既要关注计提的充分性，又要关注是否存在计提秘密准备，通过资产减值准备来调节利润的现象。审计时比较理想的方法是进行资产评估，其结果作为判断资产质量的重要依据；其次是分析公司计提的方法、程序，取得公司相关的资产管理部门出具的资产质量状况的说明，对短期投资、长期股权投资等可向被投资单位函证。同时，对于有形资产，审计人员应亲临资产存放现场观察、判断其价值。如固定资产减值准备审计时应到生产车间现场观察设备的使用情况，如果存在封存、停用1年以上、经常出废品等情况，就可以考虑全额计提减值准备。
难点之二，是原计提的减值准备转回处理的合理性。原《股份有限公司会计制度》规定的老四项资产减值准备已步入第三个年头了，如果转回计入当期损益无可厚非；但根据《企业会计制度》规定的第四项资产减值准备，如果转回计入当期损益就不应该了。但目前已经有上市公司利用今年新增的四项资产减值准备来增加本年度的利润，有的公司在中期计提了固定资产减值准备，随着该批固定资产在下半年的处置，原计提并进行追溯调整的固定资产减值准备相应作了转回，计入了当年损益，结果是利用追溯调整将以前年度的利润转入了今年反映。虽然根据制度规定，公司的这种处理并无错误，但就合理性而言，笔者认为审计时应站在年度终了看问题，采用“老准备转回可以计入当期损益，新准备转回更正原追溯调整金额”的方法。对首次采用追溯调整法计提的资产减值准备，若在当年相应的资产处置时应更正原追溯调整金额，以防止公司通过追溯调整调节利润。
二、委托理财事项的审计
上市公司委托理财，一般会与受托方签订委托理财协议，规定委托理财的时间、金额、收益的分成或亏损的承担方法。注册会计师审计的难点首先是委托理财的合法性，特别是非券商的其它投资公司，上市公司将委托资金交给对方后更难知道实际运用情况。有的券商违规操作，往往将委托理财的公司也牵连进去。所以审计时应重点关注协议中是否明确规定了委托资金在受托方特别是券商实际使用的账户账号。如果规定了账号，一般券商不会利用上市公司的委托理财资金进行协议规定以外的操作；如果未规定账号，券商就有了灵活性，很有可能进行协议规定以外的操作。在明确协议有关内容的规定后，应取得受托方资金使用的全部对账单，同时向受托方函证，主要请对方证明是否按协议规定使用资金，这对于非券商的其它投资公司是非常重要的外部证据。其次，由于受市场行情等多种因素的影响，上市公司的委托理财资金并不一定全部能如期回归，判断其可收回性成了注册会计师审计的另一个难点。此时利用常规的审计方法，诸如函证等并不能起到好的效果，因为有的受托方每次函证都如期回函确认，但就是无力归还，所以专业判断就显得相当重要。判断前应先查阅董事会决议等有关资料，查清楚该项委托理财是否经过适当的授权批准，对方有无财产抵押。一般而言，如果未经授权批准，仅是某些甚至某个人的决定，对方又无财产抵押的话，其可收回性就会大打折扣。
三、特殊存货的存在性和价值审计
有的上市公司存货由于性质特殊，在确定其存在性和价值时相当困难，无法通过监盘、观察等常规的审计方法来实现审计目标。比如“蓝田股份”的水下养殖业，注册会计师无法到湖里面去实地蓝盘；医药企业的产品由于其技术含量比较高，有些开发的新产品刚面市时毛利高得令人无法想象。注册会计师在不具备这种专业知识的前提下，难以判断其价值。
对于无法实地监盘的存货，要确定其存在性有两种方法，一是进行分析性复核。如有的公司存货主要是存放于水下的木材，可以分析河面的面积、水的深度，从而计算出存放木材的河段的容积，最后考虑账面木材的体积是否和河段的容积及其存放量相匹配。在进行静态分析的同时，我们还可以对公司期后的生产情况进行动态分析，以期后的一定生产量证实资产负债表日存货的存在性，方法是取得车间甚至班组的生产记录，追查到仓库的入库记录和销售的出库记录。另一种方法是审计时先对无法实地监盘的存货予以保留，待证实原账面记录无误后再消除该保留意见。如新太科技（原远洋渔业）原来的主业是远洋捕捞，因为报告期末船只在外海作业，注册会计师无法实施监盘，被连续五年出具保留意见。但公司报告期末组织所有船只自己进行盘点，并经相关管理部门审核，待次年船只回港期间组织全面检查，并委托注册会计师共同复验上年末船存存货盘点的正确性，注册会计师复验无误后消除原保留意见，该处理方法得到证监会的认可。
对存货价值的判断，常规的方法是取得资产负债表日前后的销售价格，从而对结余的存货价值作出判断。但对停留在生产过程中的在产品，特别是某些科技含量较高的半成品，由于不直接对外销售，即使知道了数量也难以判断其价值。方法之一是进行期后测试，从期后生产的产品价值来证明资产负债表日在产品的价值；方法之二是对在产品余额分类作分析性复核，看是否有异常波动。
四、合并范围内关联方往来计提坏账准备的审计
根据《企业会计制度》规定，我认为，关联方往来不能不提也不能全额计提坏账准备，应该区别对待。正常经营形成的往来应该计提；而对募集资金投入形成的应收项日子公司的往来可以不计提。理由之一，后者实际性质不是往来款，正常情况是有往无来的，因为募集资金投入最终形成的是资产；理由之二，随着募集资金的不断投入，往来金额越来越大，账龄也会越宋越长，如果计提坏账准备，特别是按账龄分析法计提，会严重歪曲公司真实的财务状况。因此，我们可以在审计报告中以解释性说明段的形式说明其合理性。
五、高毛利业务收入的真实性审计
财务虚假的上市公司往往离不开收入造假，有的公司部分业务交易次数很少，甚至是全年只有一次交易，或者交易对象很少，高度集中于某些客户。如果该项业务毛利特别高，尽管有现金流、公司也计缴了相关税金，我认为只要公司不将毛利高的原因解释清楚就有必要在审计报告中反映。审计时要取得公司销售合同、产品出库记录、销售记录；条件允许的还应取得购买单位的入库记录、销售记录或销售合同。尽管公司的处理具有完备的手续，但如果业务本身并没有多少科技含量，公司又是生产性企业的话，我认为，超过30%的毛利就应该合理怀疑收入来源的合法性。处理的方法，因为公司不愿意在审计报告中披露此类问题，而注册会计师坚持在审计报告中反映，协商的结果往往是公司同意调整账务。
六、关联方的审计
关联方的审计难点在于关联方的认定和关联交易非关联化。关联方的认定必须进行公司组织结构（外部结构）调研，目的在于确定公司的“终极股东”。审计时最可靠的手段是向公司的主管工商部门进行了解，除了解营业执照的年检情况外，还应包括公司的验资报告、股权转让的备案登记资料等，同时还应查核股东、特别是控股股东的工商登记资料，从而可以把企业完整的组织结构图给画出来了，了解企业的实际控制权在谁手里。做这些工作也可以借助律师的工作。确定关联交易是否进行了非关联化，关键是查清交易中的“关键控制人”。有时候“关键控制人”并不一定是“终极股东”，而是那些名义上没有控制，但实际有控制权的法人和自然人，如国有股股东的上级行政主管部门和炒作上市公司的“庄家”。比方说，某上市公司与一家公司进行交易，表面上两家无关联关系，但实际上两家属同一行政主管部门领导，在主管部门的行政干预下，上市公司才不得不与那家公司进行了交易，其公允性则令人怀疑。审计中若发现交易的获利水平明显与市场情况不符，则一定要请公司配合查清对方的主管部门。再比如，两家上市公司进行交易，表面上也发现不了他们有关联关系，但实际上，两家公司的股票都受同一“庄家”控制，“庄家”同时操纵着这两家公司，进行此项交易的目的只是为了方便“庄家”的炒作。杜绝非公允关联交易，应与打击庄家操纵并举。
上市公司审计中还有其它很多难点，对这些难点进行认真分析研究，寻求对策，有利于促进审计方法和手段的改进。笔者认为，现代审计应该从原来的账项基础审计转向风险导向审计，审计手段也应该从查账簿、凭证中走出来，走向公司的客户单位和银行、海关、工商等政府主管部门，积极进行必要的延伸审计。
