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在建设项目开工前阶段，跟踪审计的主要内容主要包括：
1.检查建设项目的审批文件。包括项目建议书、可行性研究报告、环境影响评估报告、概算批复、建设用地批准、建设规划及施工许可、环保及消防批准、项目设计及设计图审核等文件是否齐全。
2.检查招投标程序及其结果是否合法、有效。
3.检查与各建设项目相关单位签订的合同条款是否合规、公允，与招标文件和投标承诺是否一致。
4.检查建设项目的资金来源是否落实到位、是否合理、是否专户存储，建设资金能否满足项目建设当年应完成工作量的需要。对使用国债的建设项目，要严格规定其操作程序和使用范围，并作为建设资金审计的重点。
5.检查各种规费是否按规定及时缴纳；减、缓、免手续是否完善，是否符合有关规定。
6.检查征地或拆迁补偿费是否符合有关规定，有关评估、计价是否合规、合理。有无擅自扩大拆迁范围、提高标准或者降低标准等问题。
在建设项目施工阶段，跟踪审计的主要内容包括：
1.检查履行合同情况。检查与建设项目有关的单位是否认真履行合同条款，有无违法分包、转包工程。如有变更、增补、转让或终止情况，应检查其真实性、合法性。
2.检查项目概算执行情况。检查有无超出批准概算范围投资和不按概算批复的规定购置自用固定资产，挤占或者虚列工程成本等问题。
3.检查内控制度建立、执行情况。检查建设单位是否建立健全并执行了各项内控制度。如工程签证、验收制度；设备材料采购、价格控制、验收、领用、清点制度；费用支出报销制度等。应督促、指导建立完善的管理制度，保证项目建设规范运行、建设资金合法使用。
4.检查工程设计变更、施工现场签证手续是否合理、合规、及时、完整、真实。
5.检查工程成本核算及账务处理是否符合《国有建设单位会计制度》的要求，是否有利于建设项目的管理及竣工决算的需要。
6.检查建设资金到位情况是否与资金筹集计划或投资进度相衔接，有无大量资金闲置、或因资金不到位而造成停工待料等损失浪费现象。
7.检查建设资金是否专款专用。是否按照工程进度付款，有无挤占、挪用建设项目资金等问题。对往来资金数额较大且长时间不结转的预付工程款、预付备料款要查明原因，防止出现超付工程款现象。
8.检查建设单位管理费的计取范围和标准是否符合有关规定，费用支出是否符合“必须、节约”的原则，有无超出概算控制金额的情况。
9.加强设备、材料价格控制，尤其要对建设单位关联企业所供设备、材料的价格进行检查，防止从中加价。对已购设备、材料因故不能使用的，要分析原因，分清责任，并督促建设单位及时处理，避免造成更大的损失。
10.检查国家、省、市优惠政策的落实情况。检查各级政府给予该项目的优惠政策，相关部门是否贯彻执行；建设单位是否将优惠政策全部用于建设项目上，有无以各种形式转移优惠政策从而加大建设项目成本的情况。
建设项目跟踪审计的方法主要有：
1.应在建设项目正式立项时，即将其纳入审计视野，关注其各项前期准备工作。正式进点时间可安排在即将正式开工前。
2.审计组应在项目现场设立办公场所，与被审计单位建立定期例会制度，参加被审计单位的重要例会，及时了解、掌握项目有关情况，提出审计意见，并且作好会议记录。
3.要重视做好审计宣传工作，使被审计单位了解跟踪审计的程序、内容及应配合的要求，自觉接受审计。
4.审计组成员应经常深入施工现场，掌握工程进展、变更等真实情况，了解工程建设中涉及的有关技术问题，熟悉工程计量规则及有关费用的测算办法，并且作好相关记录。
5.审计人员应根据工程建设进度，定期（一般为每月一次，次月对上月）对各参建单位（包括建设项目相关单位）实际完成的工作内容、工作数量、工作质量进行核定，开具核定单。
6.审计组应根据跟踪审计实施方案的要求，要求被审计单位按照审计组规定的时间和方法报送工程结算资料，并及时确定审计结果：
（1）采用“按实结算”方式的，必须要求施工企业按照已完成的形象进度，及时报送“分部、分项工程”的结算资料，予以审计。在较短的时间内做到“工程施工完成，工程结算审计基本结束”；
（2）采用“中标价包干，设计变更、额外工作量签证按实调整”结算方式的，必须要求施工企业每月将已发生的设计变更、签证工作量编制“变更部分结算”，经审计后作为工程竣工结算的组成部分；
（3）采用“单价包干、工程量按实结算”方式的，必须要求施工企业对已完成的形象进度上报“分部、分项工程”的结算资料，经审计后作为工程竣工结算的组成部分；
（4）无论采用“按实结算”、“中标价包干，设计变更、额外工作量签证按实调整”、“单价包干、工程量按实结算”中的哪一种结算方式，对于设计变更及额外增加的分部、分项工程单价都必须先申报，经审计组审定后再作为工程竣工结算的依据；
（5）对于在建工程其他费用的审计，亦应本着“及时、完整、准确”的原则进行审计，并按时做好《审计工作底稿》。
7.审计组应建立《跟踪审计项目台账》，由主审人员负责及时登记审计时间、工作纪实（包括工作内容、审计事实、发现问题、审计意见、整改情况、审计成果）。台帐要注重反映量化成果，成为反映跟踪审计全貌的工作日志。
