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所谓会计集中核算，是指将行政事业单位会计纳入政府专门机构（以下简称“会计中心”）进行集中核算的会计工作组织管理形成。建立会计集中核算体制的原理，是单位资金使用权和管理权相分离，其性质是会计管理方式的改革。
一、会计集中核算的内容和遵循的四项基本原则：
一是会计代理制原则。其基本内容是，单位不再设置会计机构，取消会计和出纳岗位，只设报账员。单位的会计工作，由会计中心安排人员在会计中心集中办理。
二是单位财务主体资格不变原则。其基本内容是，单位的资金使用权不变，单位原有的资金筹措渠道和债权债务关系不变。
三是单位资金由会计中心管理原则。其基本内容是，取消单位所有的银行帐户，在会计中心的银行基本帐户下设立单位的分帐户，对单位资金实行集中管理。单位的资金拨付和经费支出报帐事宜，需经会计中心同意后，由报帐员在单位的银行分帐户上办理。
四是会计中心负责单位会计工作原则。其基本内容是，单位的各项支出审批、凭证审核，以及会计资料的收集、立卷和保管由会计中心负责。会计集中核算与审计的关系，通过以上分析我们可看出，实行会计集中核算，只是会计工作的责任发生了转移，没有改变单位的财务主体资格和财务责任，也没有改变单位负责人的会计责任。
因此，无论是对纳入单位新财政收支、财务收支真实性、合法性。有效性，还是对单位负责人的会计责任，以及会计中心相应的会计责任，都离不开政府审计的监督。
二、会计集中核算对审计的影响
1.对审计对象的影响。由于实行会计集中核算，没有改变纳入单位的财务主体资格和财务责作，也没有改变单位负责人的会计责任，只是单位会计工作的责任部分发生了转移；所以，纳入单位作为财政收支。财务收支的被审计对象的地位没有变化，单位负责人作为经济责任审计的被审计对象地位也没有变化。根据《审计法》第二条第二款的规定，“国务院各部门和地方各级人民政府及其各部门的财政收支、财务收支，国有的金融机构和企业事业组织的财务收支”都应当接受审计监督，根据中央两办关于《县级以下党政领导干部经济责任审计的暂行规定》，在会计集中核算后；政府审计不仅要把纳入单位作为财政收支、财务收支的审计对象，把单位负责人纳入党政领导干部经济责任的审计对象，同时还要把会计中心纳入审计监督的对象。
2.对审计目标的影响。会计集中核算影响到单位部分会计责任的转移，相应的影响到审计目标的调整。新修改的《会计法》第四条规定“单位负责人对本单位的会计工作和会计资料真实性、完整性负有责任”。一方面，会计集中核算，与原有会计管理形式相比较，使得单位原有的会计利益的一致化和会计责任的完整化格局被打破。主要是会计和出纳入员不再是在单位负责人的领导下开展会计工作，而是依法、独立的行使会计工作职责，如果出现了会计监督不力、核算不规范、甚至出现违反会计法和审计法的行为，会计中心及其有关会计人员要承担相应的会计工作责任，这种责任是不能推脱的。另一方面，会计集中核算，对会计资料的真实性。完整性，被审计单位及其单位负责人仍然负有完全责任。如果单位制造虚假的会计信息，提交虚假的会计资料，造成会计信息失真，会计核算不准确；单位负责人和财务主管人员则应承担相应的会计法律责任，如果对审计结论的真实性造成了影响，还要承担审计法律责任。因此，在审计中，审计不仅要查清被审计对象的会计责任，还要分清会计中心的工作责任，任何否定相应会计责任的独立性，或者否定会计责任的联系性，都不能算作完整的审计。因此，会计集中核算后，政府审计应当及时调整审计目标。
3.审计内容和重点的影响。审计目标决定审计内容，会计管理方式决定审计重点。由于会计集中核算运作存在着阶段性，决定着审计在各个时期的工作重点有所不同。会计工作移交阶段。审计要把纳入单位的财产清理、财务清理和会计移交手续情况作为审计重点，同时按照政府要求，审计要担任好会计移交工作的“监交人”。会计中心动作初期。审计需要针对会计、出纳不在纳入单位工作，身份发生变化，情况不熟悉，会计核算与单位财务脱节，会计核算不准确的问题加强三个方面的监督一是要围绕与单位职能相关的专项资金和重点问题开展审计，检查被审计单位执行国家经济政策的情况；二是要围绕单位预算内外收入开展审计，检查被审计单位落实收支两条线规定的情况；三是要围绕单位各项支出以及发放津补贴开展审计；检查被审计单位遵守国家的财经法规和有关会计集中核算纪律的情况。会计中心稳定运行时期。审计对要被审计单位的财务收支、财务收支情况实行全方位的审计监督，其目的是维护财政经济秩序，保障会计集中核算体制的健康运行。
4.对审计方式和方法的影响。由于会计集中核算，与原会计管理模式比较，开展对被审计单位的审计；在审计机关与被审计单位之间，增加了会计中心这个中间环节，它使得审计程序执行环节增加，审计的方式和方法的调整。如，会计资料的收集和取得。审计方案的制定、审计准备、审计报告征求意见形式、审计意见和审计决定的下达方式、审计罚款资金的收缴，、审计意见和建议的督促落实方式、审计的工作方法等都带来了影响。对此，政府审计及其审计人员需要更新观念，增强开拓创新意识，一方面要依照审计法规定的程序进行审计，另一方面；要积极探索新的审计模式和审计方式方法；努力提高审计效率和质量，为会计改革服好务。
三、审计采取的对策
1.建立健全审计制度，为审计监督提供法律保障。
为了支持会计改革，审计要建立健全与会计集中核算方式相适应的审计法律制度。以法规形式明确，审计机关有权依法对进入会计中心单位的财政收支、财务收支真实性。合法性和效益性进行审计监督，同时，明确审计机关及其审计人员的职责权限工作程序和法律责任；明确被审计单位的义务和责任；明确审计中的会计中心的义务和责任。使得审计有章可循，有法可依，做到依法审计。
2.规范审计行为，防范审计风险。
会计集中核算方式下，更加需要进一步规范审计行为，加强审计风险的防范。与原会计管理方式相比较开展审计，审计需要不再是从被审计单位提取会计资料，而是从会计中心取得被审计单位的帐簿、凭证等会计资料，审计在环节上。检查被审计单位的会计资料真实性、完整性上难度增大。取消了被审计单位的银行帐户、被审计单位失去资金管理权，也对审计检查被审计单位有否帐外收支、资金体外循环情况带来难度和风险。因此，执行审计程序，审计人员应当做到以下几点一是审计对被审计单位下达审计通知书，同时也要抄送会计核算中心；履行审计承诺手续，审计应当与被审计单位和会计中心分别签订承诺书，承诺书的内容要符合针对性和合法性要求。二是审计报告要向被审计单位征求意见，涉及有关的内容要求会计中心的相关人员参加审计意见书、审计决定书在主送被审计单位的同时，审计机关认为需要的，可以抄送会计核算中心；审计对涉及问题的处理意见和处罚款额的收缴；由于被审计单位的资金集中在会计中心管理，这样，在审计报告征求意见后，审计应当要来会计中心积极配合审计决定的执行、审计处罚款额的清缴，以及审计意见的落实。三是对会计核算中心业务质量方面的问题，审计机关应当下达审计建议书，并督促其进行整改。
3.改进审计方法，提高审计质量。
为了适应会计改革和提高审计质量；审计要积极推行“一、三、五、七”的工作法。一是要实行审计立项的“一个改进”。实行对所有行政事业单位的周期安排。轮番审计的立项。二是建立“三位一体”的审计目标：即，通过对单位财政收支、财务收支活动真实性、合法性、效益性审计，达到查清被审计单位、被审计单位负责人和会计中心责任的工作目标。三是实行审计“五个结合”的方法；即，把单位的定期审计与经济责任审计、固定资产投资审计等专业审计相结合，把审计与专项调查相结合，把帐面收支检查与制度基础性审计相结合，把详细全面审计与抽样审计相结合，把帐内审计与帐外经济活动检查相结合。四是，审计要突出七个重点内容的检查；一是会计移交环节，二是会计中心的管理质量；三是被审计单位财务“活”情况，四是专项资金、社会性资金管理和使用情况，五是罚款、收费的票据使用、管理以及收支两条线政策执行情况；六是固定资产管理及政府采购的规定执行情况，六是特别是要防止乘机乱发钱物，“三乱”回潮、小金库，公款私存，贪污私分公款情况的蔓延；维护会计集中核算体制的健康运行。
4.完善审计方式，提高审计效率。
目前，部分地区会计中心的建设起点较高，实现了会计电算化，有的还实现与纳入单位的会计信息核算系统的联网，为了提高政府审计的工作效率，有条件的审计机关也应当加快与会计中心核算系统的联网，根据需要，可以采取直接从网上调取会计资料开展审计与就地审计结合方式。同时，审计机关要积极利用联网的优势，建立被审计单位基本情况数据库，为专项审计和党政领导干部经济责任审计服务。
5.提高审计人员的素质，协调好工作关系。
一是审计人员应提高对会计集中核算方式的认识，树立为改革服务的思想，加强对会计集中核算这个新生事物的敏锐观察能力和大胆创新的意识的培养，还要通过组织协调能力、语言表达能力、分析解决问题能力的培养；积极探索适应会计集中核算灵活、高效的审计模式和方法。二是为适应会计集中核算改革的要求，要提高审计人员的文化素质和业务素质，提高法律政策水平和运用计算机审计能力，通过审计锻炼出一批复合型人才。审计机关可以吸收一些信息技术人员，并对他们进行审计知识培训。三是在审计中，审计人员要加强与有关部门和单位的联系和协调，注意好处理好审计与各方面的关系。
