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地方商业银行与国有商业银行的地方分支机构相比有着以下几个方面的特殊性：一是管理机构不同。地方商业银行是由多家城市信用社联合组建的股份制的地方商业银行，具有独立的法人资格，最高权力机构是股东大会，财务上是国家税务局管理，业务上受人民银行监管，行政上隶属地方人民政府。而国有商业银行的地方分支机构是国有商业银行的派出机构，实行内部垂直管理，具有相对较强的独立性。二是地方商业银行企业规模普模偏小，业务发展困难，抗风险的能力较弱。三是地方财政普遍参股地方商业银行，牵涉地方财政利益。地方财政参股地方商业银行后是最大的股东，具有比较强烈的行政色彩，有的甚至行政首长或部门长官兼任董事长或董事，这对地方商业银行争取地方政府部门的支持和的政策倾斜有着一定的积极因素，但对地方商业银行的自主经营有着一定的影响，也容易引起由企业的经营风险转化为地方的金融危机和地方财政风险。四是地方商业银行经营基础相对较差，管理相对滞后。各方面的硬件、软件设施一时难以跟上，人员素质良莠不齐，全员培训暂时比较困难。五是地方商业银行规章制度未建立健全。
我们认为对地方商业银行的审计应与对国有商业银行地方分支机构的审计有所不同，更应该突出地方商业的特色，应从以下几个方面积极着手：
一、审计地方商业银行股份制运作的规范性。地方商业银行基本上都是在公司法实施以后按现代企业制度和模式设立的股份制商业银行，而其运行也是按现代企业制度规范运作。所以要认真审查地方银行的建立是否符合《中华人民共和国公司法》和其他相关法规的要求；法人治理结构是否合理；还有组织机构以及股东大会、董事会、监事会的设立和行长的任职资格与责、权、利等等是否
明确；股东出资额和总股本是否达到法定最低限额；公司章程是否对公司股东、董事、监事、行长具有约束力；股东大会的职权、议事方式、表决程序是否明确等等。
二、审计地方商业银行资源配置的优质与合理化程度。地方商业银行是由多家地方城市信用社整合而成，有待长期的磨合；网点建设和布局的科学性与合理性有待进一步提高，信用社时期的营业机构网点的设置相互交错、渗透，布局不尽合理，内部资源有化有劣，不相协调，业务分工也不是十分明确，合并后是否存在机构合人不和、人和心不和等等貌会神离不协调的步伐；是否存在内部不良竞争的问题；是否为某些企业多头开户、多失贷款、逃废银行债务提供了可乘之机。
三、审计地方商业银行所有者权益的真实性。要查清实收资本和资本成份是否真实，增加和减少是否符合法定程序和要求；各项资本成份的数量及比重；实收资本是否足额到位、资本充足率是否达到法定标准；资本公积、盈余公积、公益金的获得、提取、使用是否符合法定要求；利润分配的行为是否合法、顺序是否合规、未分配利润是否真实等等。
四、审计地方商业银行资产的安全性及流动性。注重查清各项资产的总体状况；信贷资产是否建立了科学合理的分类方法，各项资产管理指标是否合规；看其贷款的种类、对象、期限、利率是否合规；贷款行为的合理、合法性，以及信贷政策的执行情况；对贷款的调查。审批、发放、合同的签订、事后监管是否符合《贷款通则》的要求；调查了解不良贷款所占的比重、形成的原因以及在各行业的分布结构和盘活信贷资产存量的有效途径；还要审查投资业务和拆借资金是否真实、合法等等。
五、审计地方商业银行负债的真实性与合理性。要摸清负债的结构，包括负债的对象和品种、负债的时间长短以及负债成本的高低；各项负债比例管理指标是否合规；另外还要结合考核法定准备金的缴存是否达到要求、备付金的比例是否合规；是否科学建立和完善了二级存款准备金制度，确实有效的防止挤兑风险。
六、审计地方商业银行经营的合法性和效益性。检查各项业务的开展是否在合法的基础上进行，有无违规经营的现象和问题；检查各项业务收入是否按国家政策和有关规定正确计算；审查各项开支和应分摊的费用的计提和列支是否准确、合法；查清营业外收支的合理、合规性；认真考核其经营成果，主要包括经营收益率、利息率、成本率、实收利息率等等。
七、审计地方商业银行管理的合规性和内控制度是否完整、规范、可行、有效。地方商业银行具有独立的法人资格，有加强内部管理的权力与义务。地方商业银行为加强内部管理而制定的各项规章制度和各项财务、信贷指标是否符合国家的政策、法律、法规，同时这些规章制度又是否落到实处；是否建立离职责任审计制度，对危害商业银行利益和侵犯股东权益的行为进行严管重罚，切实严格维护商业银行的合法权益；地方商业银行是否按要求科学、合理的设置监事机构；是否设置进行实时和事后监督的岗位，以及规范、透明的便于监控的操作流程，对存款、贷款、结算、汇兑等重点岗位和重点业务的全过程进行程序化的考核与监督；内部控制是否能为保护财产物质的安全完整和有效使用、保证会计信息及其他信息资料的正确性和可靠性、促进经营效率的提高和经营目标的实现、促进贯彻落实各项方针政策等方面发挥积极作用。
另外还可以考核地方商业银行的发方向与国家的产业政策是否相吻合；业务的拓展空间和创新能力是否有利于企业的长期稳健运行；是否树立以人为本的意识，强调发挥人的主观能动性；是否建立必要的激励机制，鼓舞全体员工爱岗敬业的工作激情和调动全体员工服务宏观社会经济的高涨热情和服务意识，提高社会服务水平。
