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健全行政运行机制，创新政府管理方式与服务方式，是加强机关效能建设的必然要求，更是建立廉洁高效政府改善地方经济发展环境，促进经济发展的必然要求。在深化机关效能建设中通过建立决策、执行、监督相互协调又适度分离的运行机制，解决长期以来决策与执行不分、监察不力的问题。
一是建立科学民主的行政决策机制。健全决策的程序化机制，对重大决策要按照调查研究、确定目标、制订方案、咨询论证、提出决策、实施反馈的程序要求去做，防止决策失误。健全决策的咨询机制，对重大决策事项应当事先组织专家进行必要性和可行性论证，充分发挥各种决策等研究班子及咨询组织的“外脑”和智慧团作用。对涉及面广、与人民群众利益密切相关的决策事项要向社会公布，实行听证制度。健全决策的问责机制。按照“谁决策、谁负责”的原则，建立效能问责体系，明确问责事由、问责对象、问责程序、问责行为，对领导决策的制定和执行及其结果进行科学的评估，对因盲目决策、失职造成重大损失的行为实行效能问责制度。
二是建立快速有效的行政执行机制。建立行政机关职能执行机制，形成行为规范、有章可循的“以制度管事管人”的执行制度，通过明确行政执行责任，简化行政程序，使上级的方针、政策得到准确快速执行。建立快速有效的办事机制，建立健全各项规章制度和优化办事流程，杜绝“人情风”、“关系网”，一切以法律有关纪律、规章制度为准则，尽可能地简化手续，量化标准，使人民群众的困难和问题得到及时解决。建立科学的行政执行力考核机制。采用科学的方法，对行政机关及其工作人员的执行力、执行结果以及综合素质进行全面监测、考核、分析和评价，不断改善执行手段，提高执行效率。
三是建立全方位参与的监督机制。权力的正确行使，必须通过监督予以制约和规范。为加大各监督机构的整体合力，建立设置一个核心作用，能够统一组织管理协调和指挥工作的独立行政效能监督机构，实施多元联合监督机制。建立健全包括人大监督、司法监督、审计监督、行政机关的日常监督，监察机关的专门监督，新闻媒体的舆论监督、人民群众的广泛监督在内的监督体系。充分发挥各自优势，整合资源，建立信息共享、职能衔接和联合督查的协调机制，加强各种权力之间的制约和平衡，切实履行机关效能的监督职能，共同为改进与完善行政管理这个大目标努力。此外，还应建立效能建设长效机制，全员接受的教育机制，全天候通畅的反馈机制。
四是构建以扩大民主为基础的考评主体体系。把与考核对象工作、生活联系密切、知情度较高的上级、同级、下级和基层群众作为评价主体，形成一个评价立体群。构建以实绩为核心的考评内容体系，把实现人民的根本利益作为考评的根本目的，把实现经济和社会可持续和谐发展作为政绩的重要内容，把重实干、求实效作为实现政绩的重要途径，把人民的需求作为评价政绩的主要尺度。构建以定性和定量相结合为手段的考评方法体系。
