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现在我们来到西大门也就是植物园的主入口，建园后的多次重建，现大门建于1995年，实行人车分流，广场、水库、 真岩、假石、瀑布浑然一体。在大门水池上方的假石上书有“知者永乐”四个字，原意出自孔子“知者乐水，仁者乐山。知者动，仁者静。知者乐，仁者寿。”寓意于聪明人在工作繁忙之余，为避凡俗，投身于山水、自然景观之中，乃人生一大快事。水池之上为坡地，以植入旅人蕉、苏铁、吊瓜树等多姿多彩的热带、南亚热带观赏植物为主，展示了植物园具山、石、水之胜和优势植物种类的园林特色。另外，园内外有门无墙，以水相通而景相融。 沿曲折小径，仰望参天松柏，低寻树影婆娑，仿佛入林探幽别有一番风韵。林里还有被称为活化石的植物——银杏，大约在15500万年前至7000万年前的中生代，此树极为繁，以后则渐落没，而为中国所仅有所以有活化石之称。此种树生长速度慢，祖辈种树，孙辈才能尝到果实（白果），所以有叫公孙树，因其叶片亮丽，形似摺扇，又宛如鸭掌，故也称鸭脚。我国特产，是现存种子植物中最古老的子遗植物，为国家一级重点保护植物，这里除了银杏，还有罗汉松、金钱松、雪松、南洋杉、日本金松、巨杉，里面有国际友谊树——诺福克南洋杉，是各国的使者送的。
出了松杉园从左边走，来到竹径，植物园引种以丛生竹为主的观赏竹近二百种。竹类植物区己初具规模，千姿百态的竹子与湖光山色相映成趣，构成了“竹林夹径，水中竹景”的园林景色和竹石相伴的优美画面，厦门植物园内的“竹径”及“竹园”引种的丛生竹25类、165多种（含变种）。如建筑用竹有篱竹等；篷用竹有青皮竹、精草竹等，有贵州悬竹、鱼肚腩竹、佛肚竹、黄金间碧玉、斑竹。竹径旁迂回入万石湖近处，有门状之石，上有行楷横书“销云”二字，字幅高0.3米，宽0.6米，系清初姚立凤所题，意谓这里万石耸天、云过此处受阻，似被销而不前，一说是清晨之时，云雾每聚于峭岩之间，山谷似乎被云雾销住。相传这是郑成功杀郑联处，郑联是郑成功的宗兄封定远侯，当时屯兵厦门，横征暴敛，终日花天酒地，无恶不作，并且有降清之意。郑成功之叔父郑芝鹏劝郑成功夺取厦门，杀郑联而代之。明永历四年（1650年）中秋，郑成功率战船从潮阳驶抵鼓浪屿，次日来到万石岩拜访郑联，当晚在虎溪岩宴请郑联，又密令战船集厦门港待命，时郑联独守万石山，对郑成功毫无防备。半夜宴毕，郑联回家途经销云石处，被郑成功伏兵杀死。郑成功一举占领万石岩并迅速控制局面，从此金门、厦门便成为郑成功搞清复台基地。此处己列为厦门市文物保护单位。沿竹径观赏流水、青青翠竹，信步数十就进了蔷薇园、象鼻峰景区。
现在我们进入蔷薇园、象鼻峰园内来，这里面主要是以蔷薇科植物为主，目前收集李、桃、梅等品种。建园中结合环境改造溪流，点缀小品，整治园路，
铺设草坪，现巳成为较受欢迎的新景区。建设时侧重山石、改水体，本区处半岭山与水磨坊溪之区，有名石“象鼻峰”这块石头像大象朝天伸着长长的鼻子，所以就写着这三个字。池畔建有露天音乐台，舞台部分像玫瑰花瓣形，色彩素雅，是植物园中较为别致、风格迥异的建筑小品，表达了专类园蔷薇的主题。
现在我们来到的是棕榈植物区，它位于万石湖的东侧，是突入万石湖的半岛，棕榈科植物主产于世界热带、亚热带地区，种类达三千多种，是经济大科，形态、习性各异，有雄伟壮观的堇棕；秀丽挺拔的大王椰子；有小巧玲珑的玲珑椰子；有喜光的加拿列海枣；耐干旱的伊拉克蜜枣；有耐荫的棕竹；有耐水湿的沼地棕。经济用途方面：有产油的油棕、产糖的糖棕、砂糖椰子、产蜡的蜡棕、药用的槟榔、有可提取香油的香棕、果用的椰子、产纤维的棕榈以及各种高档藤材。棕榈科植物以其独特的树 被广泛应用于城市园林绿化和室内摆设；棕榈科植物的引种驯化是植物园科研工作的重点之一，巳引种栽培约400种，居全国第一。现在来看看这几种特殊的棕树：如这种鱼尾葵，它的羽片厚而硬，形似鱼尾故此得名；米产在树上的堇棕，它可是国家二级保护植物，每棵树可产200余斤米，大约5棵树抵得上一亩稻田的产量，它产出的“米”就是世界著名的“西谷米”；这种就是糖产在树上的砂糖椰子，砂糖椰子果糖中的提取物可煮制砂糖。等等还有很多特别的棕榈树。
我们现在要去的是百花厅。百花厅位于樵溪谷下部汇入万石湖的缓坡地带，目前已经基本建成，呈园中园格局，内有荷花池，展厅、展览温室、鲤鱼洞、打虎洞、萌生植物区、游客服务中心等。百花厅中心为荷花池，展厅沿池布置，共分五组，或以廊连、或以路通、皆白墙粉柱、琉璃瓦顶错落有致。池面荷莲片片，花神婷婷，池中鱼悠悠，坡上缅桂飘香，更有流水潺潺，环境极为幽雅。重要节假日常在此举办园艺、花卉、科普展览，曾成功举办全国第二届兰花、省花卉盆景等大型博览会。这里的植物有闻歌起舞的植物舞草、能杀死蜜蜂的植物——金鱼草、变“酸”为“甜”的植物一种秘果、“引虫入室”的食虫植物——猪笼草、不长在树上而长在草上的香蕉、世界上叶片最大的植物——王莲、能长“鸡蛋”的树——鸡蛋花等等的一些较奇异的花草树木都可在此见到。
